Nella ricordata deliberazione del 29 giugno 1595 del pubblico parlamento brindisino, che riguarda la edificazione della chiesa di S. Nicola di Bari, si legge che fu decisa anche la ricostruzione (letteralmente il documento parla di “risarcimento”) d'una CAPPELLA da dedicare a S. MARIA MATER MISERICORDIAE e dichiarata, come la chiesa madre, jus patronato dell'Università. L'iniziativa e lo sviluppo dell'opera si devono allo stesso sindaco Barbati.

La tradizione dice che nel luogo ove fu eretta tale cappella vi era altra intitolata a S. Lino Papa. Pare infatti che nella ricostruzione, durante gli scavi interni, furono scoperti affreschi raffiguranti santi e vescovi greci che rimandano pertanto l’epoca di prima costruzione al periodo della dominazione greco-bizantina in Italia meridionale. Il coroneo Leonardo Manes, si adoperò per ingrandirla e per abbellirla, facendovi erigere un altare intarsiato e dorato (che ancora oggi si può ammirare all’interno della chiesa) e l'organo e facendo portare più in alto il campanile munendolo, di un’altra piccola campana. 

L'altare, fu poi rimosso e sostituito con altro di marmo, acquistato con donazioni dei nostri paesani residenti nelle Americhe. La parete posteriore dell’altare della Chiesa della Madonna reca, infatti, la seguente iscrizione: BRUNDUSII CIVES REGIONES AMERICAE PERAGRANTES (sic) HOC ALTARE MARMOREUM DEIPARAE VIRGINI DEVOVERUNT – ANTONIUS SACERDOS MONTULLI- MDCCCLXXXXVII.

Gerardo Basta, quale procuratore di S. Maria, nel 1787 fece fabbricare di nuovo il coro e la cupola del campanile ed acquistò la campana maggiore che così dolcemente tocca e intenerisce il cuore. Egli morì nel 1794; la moglie Domenica d'Emilio e il figlio, Salvatore, tra il 1796 e il 1813, fecero restaurare, ampliare ed abbellire la cappella, costruire il portone e la prospettiva nel 1810 dal muratore Giovanni di Leo che è possibile ammirare nuovamente dopo che erano stati sepolti per anni sotto l’intonaco della facciata.

La cappella custodiva l’immagine della Madonna in un quadro opera d'un artista molto valente, Giovanni di Gregorio, detto il Pietrafesa autore di altri bei quadri, morto a Pignola nel 1656.

L'immagine bellissima della Madonna, nell'atto di nutrire il bambino Gesù col frutto dolcissimo della sua materna grazia, annerì negli anni al fumo che veniva dalla vicina sacrestia. Il dipinto, già danneggiato per gli effetti del tempo, è stato sottratto al culto dei devoti brindisini nel 1976 da un furto ad opera di ignoti.